El género Pan se considera parte de la subfamilia Homininae, que engloba también al género Homo. Las dos especies de chimpancé son las más cercanas a Homo Sapiens entre las actuales. Mediante la comparación del genoma humano con el del chimpancé, se ha determinado que el ancestro común de las tres especies existió hace entre unos cinco y siete millones de años y la divergencia entre el chimpancé común con el bonobo se produjo hace unos 2 millones de años.
La divergencia con el género Gorilla tuvo lugar hace aproximadamente 10 millones de años, mientras que los linajes de los orangutanes y gibones se separaron hace más de 15 millones de años.
El examen conjunto de los genomas del gorila, el chimpancé y el hombre, demuestra que las dos últimos son más similares en un 70% del genoma, pero en el 30% restante presentan más parecidos con las secuenciascorrespondientes del gorila que con las mutuas. Esta separación incompleta de linajes podría ser un efecto del corto tiempo transcurrido, en términos relativos, entre la divergencia de las tres especies. También podría deberse en parte a cruces entre los ancestros de los gorilas y los de los seres humanos por un lado, y los de los chimpancés por otro, en tiempos antiguos.
Genoma
En 2002, el Instituto Nacional para la Investigación del Genoma Humano (NHGRI), fundado por los Institutos Nacionales de la Salud estadounidenses, aprobaron la secuenciación del genoma de Pan troglodytes. La meta de este proyecto es entender mejor cuál es la base genética de las diferencias entre los seres humanos y otras especies. En diciembre de 2003 se anunció la obtención de la primera secuencia y su alineación con el genoma humano. En 2005 la revista Nature publicó un artículo con los primeros resultados del análisis de los dos genomas; los genes que han evolucionado más rápidamente desde la separación de las especies son aquellos relacionados con la reproducción y la defensa del organismo. Las diferencias entre las secciones equivalentes de los genomas son pequeñas, alrededor de un 1,24%, aunque el porcentaje aumenta considerablemente, hasta un 5 o un 10% si se tienen en cuenta las secciones duplicadas del genoma. Se sospecha que una gran parte de las diferencias fenotípicas y de comportamiento entre las especies se deben más a factores reguladores de los genes que a la secuencia exacta de estos.
Genomas humano y de chimpancé. M es el ADN mitocondrial.
Fósiles
Varios fósiles humanos han sido encontrados, pero no se describieron fósiles de chimpancé hasta el año 2005. Las poblaciones existentes de chimpancés en África Central y del Oeste no se superponen con la mayoría de los fósiles humanos encontrados en África del Este. Sin embargo, recientemente se han encontrado algunos fósiles de chimpancé en Kenia. Esto indicaría que tanto los humanos, como los miembros del género Pan coexistieron durante el Pleistoceno Medio en el África del Este.
Durante mucho tiempo, los científicos creyeron que la dieta de los chimpancés consistía únicamente de frutas, hojas, nueces, raíces e insectos. Después descubrieron que también cazan cerdos y monos e incluso matan chimpancés de otras familias. Cazan de forma cooperativa: por ejemplo, mientras uno persigue a un mono por los árboles, otro obstruye la ruta de escape y un tercero lo espera para emboscarlo.
Inteligencia
Los chimpancés poseen estrategias de caza sofisticadas que requieren cooperación. Son conscientes de su estatus social y son manipuladores, capaces de engañar. Pueden aprender a usar símbolos y pueden entender aspectos del lenguaje humanos, incluso algunas relaciones sintácticas y conceptos de números y numeración. Son capaces de planear espontáneamente el futuro cercano.